Situado en la antigua Persia en el año 550 a. C. el Príncipe acompaña a su padre, el rey Sharaman, en el saqueo de la ciudad de un poderoso maharajá de la India. Previamente al asalto de la ciudad el rey Sharaman hace un pacto con el visir enemigo, el cual asesina al guardián de la puerta para permitir la entrada del ejército persa a cambio de poder elegir cualquiera de los tesoros del maharajá.

El Príncipe se propone ser el primero en alcanzar la cámara del tesoro del maharajá para poder obtener un trofeo de batalla con el que honrar a su padre: la Daga del Tiempo. Tras abrirse paso por las ruinas de la ciudad asaltada, sorteando obstáculos y enfrentándose a los guardias de la ciudad, llega hasta las profundidades del palacio del maharajá, donde se hallan guardados el enorme Reloj de Arena, y detrás de un grueso cristal la Daga del Tiempo. Tras hacerse con la Daga acciona por casualidad un botón en su empuñadura, liberando las Arenas del Tiempo contenidas en ella y retrocediendo en el tiempo hasta unos segundos antes de ser aplastado por los escombros del palacio ruinoso que se desprenden del techo. A partir de este casual incidente descubre su poder de controlar el tiempo utilizando las Arenas del Tiempo contenidas en la Daga.

Una vez concluido el asalto a la ciudad, el rey Sharaman dirige a sus soldados en su intento por desplazar el Reloj de Arena para llevárselo como parte del botín. El visir traidor también está presente, y cuando descubre que el Príncipe se ha hecho con la Daga del Tiempo, se la exige al rey como la parte que le corresponde a él del tesoro. El rey se niega a quitarle el trofeo de victoria a su hijo, con lo que el visir monta en cólera. En este momento es capturada Farah, la hija del maharajá, que ha permanecido escondida durante el saqueo.

Durante el camino de vuelta a su reino el rey Sharaman decide hacer una visita al reino aliado de Azad, para entregarle al Sultán el Reloj de Arena y una gran parte del botín como regalo, con el fin de asegurar así la amistad y la paz entre los dos reinos. El sultán de Azad se muestra curioso por el brillo del Reloj de Arena, a lo que el visir traidor responde que se debe a que existe una maravilla nunca vista por el hombre encerrada en su interior, que solamente puede contemplarse abriendo el Reloj con la Daga del Tiempo. El Príncipe se da por aludido e introduce la Daga en el Reloj, liberando las Arenas del Tiempo y desencadenando el caos y la destrucción. Todos los habitantes del palacio son poseídos y transformados en monstruos de arena sedientos de sangre, menos el Visir, Farah y el Príncipe; pues cada uno de ellos posee una de las reliquias de las arenas del tiempo: el Visir es protegido por su báculo que le permite controlar las arenas y a los monstruos, Farah posee un medallón que la protege de la transformación y el Príncipe es protegido por la misma Daga del Tiempo.

Mientras Farah consigue escapar de los monstruos, el Príncipe se ve forzado a enfrentarse a los monstruos, y descubre que debe absorber la arena que los posee con la Daga, ya que de lo contrario reviven al absorber más arenas del tiempo. Conforme se abre paso por el palacio en ruinas se encuentra con columnas de arena brillante que le permiten ver visiones de su futuro inmediato. El Príncipe intenta localizar a Farah, pero tras encontrarse con ella, los dos se ven forzados a separarse al ser atacados por escarabajos también afectados por las Arenas del Tiempo. Más adelante, el Príncipe observa desde uno de los balcones de la alcoba real cómo unos enormes pájaros poseídos por las Arenas transportan el Reloj de Arena a la torre más grande de todo el palacio: la Torre del Alba.