Fue el primer juego en la serie hecho para la sexta generación de consolas, siendo la secuela argumental de Resident Evil 2 y Resident Evil 3 (que transcurren de manera paralela), y la pre cuela a los eventos de Resident Evil 4. La aventura se juega alternando entre secciones controladas por Claire Redfield , Steve Burnside (En una parte del juego) y Chris Redfield, y transcurre en las ubicaciones de Rockfort Island y la Antártida.1​ Por primera vez en la serie, el juego emplea escenarios poligonales que reemplazan a los prerrenderizados de las entregas anteriores.

El argumento del juego revela una de las circunstancias más importantes en la decadencia de Umbrella, como es la desaparición de la línea de uno de sus fundadores, la de los Ashford, así como también la existencia de una corporación rival a Umbrella que también está interesada en armas biológicas y que ha reclutado a un villano clave en la serie que se creía muerto, Albert Wesker.

Tres meses después de los acontecimientos de Resident Evil 2 y Resident Evil 3, en enero de 1999, la historia comienza con Claire Redfield infiltrándose en la base de París de Umbrella, en la búsqueda de su hermano, Chris Redfield. Tras ser perseguida por el equipo de seguridad, es hecha prisionera por Rodrigo Juan Raval y enviada a una prisión y base de entrenamiento de las fuerzas especiales de Umbrella en la isla Rockfort, propiedad de Umbrella, y en concreto de la familia Ashford, una de las familias dueñas y fundadoras de la compañía.

Sin embargo, poco después de su encarcelamiento, la isla es atacada por un equipo especial bajo el comando Albert Weskerquién contamina deliberadamente a los cuerpos militares de la isla con el T-Virus. Rodrigo libera a Claire sin haber otra opción en la ahora desolada isla, y ella en agradecimiento lo ayuda con sus heridas (si el jugador así lo decide si a cambio quiere obtener un objeto clave en la historia de Claire).

Claire en prisión conoce a Steve Burnside, un chico de 17 años de edad que se empeña en hacer las cosas por su cuenta y que demuestra que sabe usar muy bien las armas y con quién acaba estableciendo un fuerte vínculo. Durante la exploración de la prisión, ambos son perseguidos por Alfred Ashford, el heredero y séptimo patriarca de la familia Ashford, cotitular de la corporación Umbrella. (éste encuentro sólo sucede en la versión Code Veronica X) y del que sabía por la relación que tuvo con su hermano.